欧洲各改教运动历经许多流血战事,如1610年亨利四世被刺杀,法国再度内战,新教信徒大量逃亡。
1618年德国路德派因不满奥格斯堡和约被毁,由瑞典国王古斯塔夫二世(Gustavus Adolphus)领导,与国内罗马天主教徒交战了三十年,1648年签订威斯特伐利亚和约(Peace of Westphalia),双方重获和平相处。
又如1568年荷兰北部的加尔文派信徒因反旧教与其统治者西班牙国王对战,到1609年终获独立建国与信仰自由。
英国在宗教改革后的国教还带着不少旧教色彩,许多受加尔文派影响而被称为清教徒(Puritans)的人,想再加以改革,使成更合乎《圣经》的信仰,却受到欲恢复旧教的国王查理一世逼迫残害,于是许多人逃至新大陆,即后来独立的美国,并爆发1640 -1649年的内战史称“清教徒改革”。
清教徒获胜后,新教团体获相当自由的发展,直到1685年新国王詹姆斯二世又想恢复旧教及专制政治,人心大愤,再经1688年没有流血的“光荣革命”,终于使英国新教徒在此年获得欧洲第一个获大量信仰自由的结局。
至此我们也看出各国的宗教战争中,常夹杂经济和政治利益等的争执。
从十六世纪中期到十七世纪 中期的百年纷扰,欧洲人口大量减少,经济衰退,各国终于地逐渐体认久战俱伤的教训,才开始采取宗教宽容的政策。